تم تقسيم المنشأة إلى ثلاثة أقسام.

القسم الرئيسي يتجمع الرجال المقيمون في القسم الرئيسي في مساحات مصممة كزنزانات فردية (مساحة كل منها 9 أمتار مربعة) خلف أبواب حديدية، مع قلة الضوء الطبيعي، وعدم إمكانية الوصول إلى ساحة للرياضة. وقد أعربت منظمات حقوق الإنسان الدولية مرارًا وتكرارًا عن قلقها إزاء الاكتظاظ الشديد والظروف غير الصحية في هذا الجزء من مرافق المطار. وبالمثل، وجدت المحكمة الأوروبية لحقوق الإنسان في الحكم في قضية M.S.S. أن ظروف احتجاز مواطني الدول الثالثة في مركز احتجاز مطار أثينا تنتهك الحظر المفروض على المعاملة اللاإنسانية أو المهينة في المادة 3.

وفي وقت مبكر من عام 2005، أفادت لجنة مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة (التقرير) بأن المعاملة غير مقبولة؛ لم يستحم الرجال لمدة 7 أيام، ولم يتمكن رجل آخر محتجز لأكثر من 40 يومًا من تغيير ملابسه أو الحصول على هواء نقي.

زار وفد من منظمة العفو الدولية المنشأة في عامي 2009 و2010. خلال كلتا الزيارتين، كان الاكتظاظ شديدًا لدرجة أنه وصل في بعض الأحيان إلى 145 شخصًا. كان على هؤلاء الرجال النوم على مراتب أو بطانيات موضوعة مباشرة على الأرض. عندما كان المكان مزدحمًا بهذا الشكل، لم يتمكن الرجال جميعًا من الاستلقاء والنوم في نفس الوقت.

وُثِّقت أيضًا طبيعة الزنازين الضيقة في عام 2012. وخلال الصيف، وُصِفَت الحرارة والرائحة الكريهة في الزنازين بأنها لا تُطاق. نظرًا لعدم وجود مراحيض داخل الزنازين، كان هناك انتقاد مستمر على مر السنين يتمثل في وجود صعوبات شديدة في الوصول إلى المراحيض (انظر هنا، هنا و هنا). يُضطر المحتجزون إلى طرق الباب للسماح لهم بالخروج لاستخدام المرحاض. ونظرًا لعدم توفر مساحة خارجية، تقتصر حركتهم الجسدية على الذهاب إلى المرحاض لبضع دقائق صباحًا ومساءً. وقد لاحظ مندوبو منظمة العفو الدولية أن بعض الأشخاص الذين سُمح لهم بالذهاب إلى المرحاض كانوا يحملون زجاجات ماء بلاستيكية ممتلئة جزئيًا أو كليًا تقريبًا بالبول. وقد أقرت لهم سلطات الشرطة أن المحتجزين في كل زنزانة كانوا يستخدمون زجاجات بلاستيكية لقضاء حاجتهم، وكانوا يُفرغونها عند السماح لهم بالذهاب إلى المرحاض. الأدلة من عام 2012 كشفت أنهم كانوا في جميع الأوقات الأخرى محبوسين داخل زنازينهم دون أي عمل.

كانت هناك قواعد أخرى تقيدهم: لم يُسمح لهم بتدخين أكثر من ثلاث سجائر؛ ولم تُمنح لهم أدوات مائدة لأسباب "أمنية"، ولم تُراعَ شروط النظافة الصحية على النحو الواجب، مما أدى إلى انتقال الأمراض المُعدية.

خلف الزنازين، يوجد ممر شديد القذارة يمكن رؤيته من خلال قضبان الزنازين. على الجانب الآخر، النوافذ مُجمدة، مما يسمح ببعض الضوء الطبيعي ولكن دون رؤية للخارج. توجد سلة مهملات أسفل كل نافذة زنزانة. المساحة الخارجية خلف الزجاج المُجمد غير متاحة للمحتجزين لعدم وجود سياج لتأمينهم.

خلصت لجنة مناهضة التعذيب (CPT) زيارة في عام 2016 إلى أن الظروف في مرفق المطار كانت مناسبة إلى حد كبير، لكنها أشارت أيضًا إلى ما يلي:

> "مرة أخرى، استمع الوفد إلى العديد من الشكاوى بشأن عدم السماح للمحتجزين بمغادرة الزنازين عند طلبهم الذهاب إلى دورة المياه. وقال الموظفون المحليون إن متوسط مدة الاحتجاز لا يتجاوز بضعة أيام؛ ومع ذلك، كشف الاطلاع على سجل الاحتجاز عن احتجاز أربعة سوريين في المركز لفترات تتراوح بين شهرين وأربعة أشهر، واحتجاز مواطن أجنبي آخر لأكثر من ستة أشهر، واحتجاز كثيرين آخرين لأكثر من شهر واحد. علاوة على ذلك، في بعض الأحيان، احتُجز ما بين سبعة وأحد عشر شخصًا في هذه الزنازين لفترات طويلة، كما كان الحال في ديسمبر/كانون الأول 2012، ويناير/كانون الثاني 2013، وبداية أبريل/نيسان 2013؛ هذا المستوى الفادح من الاكتظاظ، الذي يؤدي إلى تخصيص متر مربع واحد أو أقل من مساحة المعيشة للشخص الواحد، يُشكل في حد ذاته معاملة لا إنسانية. لا ينبغي أن تستوعب زنزانة مساحتها 9 أمتار مربعة أكثر من شخصين. ومن الضروري أيضًا توفير مرحاض خارجي."